1988年7月、関東地方に使用された「新型爆弾」により、第三次世界大戦が勃発。それから31年後、新首都のネオ東京では反政府ゲリラと軍部との暗闘が続いていた。

金田は山形、甲斐、鉄雄といった仲間と共に暴走に明け暮れる日々を繰り返していた。ある日、金田は暴走中に鉄雄がタカシと衝突したことで警察に捕まってしまい、留置所で出会ったケイに一目惚れする。一方、病院から脱走した鉄雄は奇妙な力に目覚めると同時にコンプレックスを肥大化させ、やがて超能力を怒りに任せて振るうようになっていく。金田はケイと共に軍のラボに潜入して鉄雄を救おうとするが、暴走した鉄雄によって友人の山形が殺されたことで、鉄雄との対決を決意する。

軍や暴徒を退いた鉄雄はオリンピック会場でアキラの封印を解くが、そこにあったのは分析のためにバラバラに分解されたホルマリン漬けの臓器だけであった。レーザー銃を手に入れた金田が鉄雄との対決に敗北する一方、大佐がSOLによるレーザー照射を実行。鉄雄はこれによって右腕を失うが、超能力によってSOLを無残に破壊、オリンピック会場に墜落させる。金田たちはそれに紛れて一時撤退、鉄雄は右腕の肩代わりとして瓦礫の破片を義手にするのだった。

翌日、オリンピック会場で玉座に座る鉄雄は大佐の説得を退けるも、最終決戦を挑む金田のレーザー銃に撃たれたことで倒れこみ、カオリを巻き込んで膨張する肉塊へと成り果てる。そこへナンバーズによって導かれたアキラが覚醒、拡大する光は金田や鉄雄もろとも旧市街を巻き込み、建物も地盤も津波によって海中に押し流された。光の中で金田は鉄雄と出会ったときの記憶を垣間見る。そしてナンバーズから人々の間にもアキラの力の目覚めが始まっている事を知らされた金田は、鉄雄がナンバーズとアキラによって別世界へ運ばれるのを見送る事しかできなかった。夜が明け、スタジアムのガレキの山で辛うじて生き延びた金田、ケイ、甲斐はバイクで崩れかけた道路を全速力で飛ばしながらネオ東京へと向かって行く。

そしてその一方で、鉄雄の誕生から未来までの断片などの神秘的なビジョンとともに「僕は、鉄雄…」という鉄雄のひと声で物語は終わる。

AKIRA - wikipedia