夏休み、ハリー・ポッターは唯一の身寄りであるダーズリー家へ帰省していた。初めての友人も出来て、夢のようだったホグワーツ魔法魔術学校での生活を中断されていたハリーのもとに、ドビーと名乗る屋敷しもべ妖精が現れる。そしてドビーはハリーに「ホグワーツに戻ってはならない」と警告する。だがそれを拒否したハリーの前でドビーは、ケーキに浮遊術の魔法をかけて来客者の頭上で落下させる。この浮遊術をハリーの仕業と見せかけ、マグルの前で魔法を使ってしまったこととなったハリーに対し、規定に違反したとして魔法省は警告する。ダーズリー一家の怒りに触れたハリーは部屋に閉じこめられたばかりか、部屋に監禁されたハリーは、ロン・ウィーズリー、フレッド・ウィーズリー、ジョージ・ウィーズリー達に空飛ぶフォード・アングリアで救出され、ウィーズリー家へと向かった。

ウィーズリー家の暖炉から、新しい教科書を購入するためにダイアゴン横丁へ向かおうとするが、ハリーは発音が上手くいかず失敗し、「夜の闇（ノクターン）横丁」へ迷い込む。そこへホグワーツの森番、ルビウス・ハグリッドが現れて救出され、ダイアゴン横丁で親友のハーマイオニー・グレンジャーとも再会する。書店ではハンサムな魔法使い、ギルデロイ・ロックハートのサイン会が行われていて、ロックハートはハリーを見つけては彼と一緒に日刊予言者新聞の記者に写真を撮らせ、教科書に指定されている彼の7冊の自伝全てを贈られる。その後、一行はスリザリン生のドラコ・マルフォイとその父親、ルシウス・マルフォイと出会い、ロンの父親のアーサーとルシウスは殴り合いの喧嘩に発展するが、ハグリッドに制止される（映画ではルシウスの「役所で会おう」、ドラコの「学校で会おう」で終わっている）。

新学期、キングズ・クロス駅の9と3/4番線へ繋がる壁を何故か通り抜けられず、壁にカートごと激突・転倒したハリーとロンは、ホグワーツ特急に乗り遅れたためにアーサーが魔法をかけた空飛ぶフォード・アングリアでホグワーツへ向かった。フォード・アングリアはホグワーツの敷地内にある暴れ柳に激突し、そのためにロンの杖は折れ、車は2人を降ろして禁じられた森へ走り去った。何とかホグワーツに辿り着いたハリーとロンだったが、途中でマグル（非魔法族）に空を飛んでいるところを見られたこともあり、退学処分は免れたもののハリーとロンは罰則を受け、ロンは母親から吼えメールで散々叱られ、杖は折れた物をそのまま使用しなければいけなくなった。

ハロウィン当日、管理人アーガス・フィルチの猫であるミセス・ノリスが石になる事件が起こる。その後、マグル出身者の生徒が石にされる事件が立て続けに発生し、伝説と化していた「秘密の部屋」が「スリザリンの継承者」の手で開かれたのではないか、という疑惑がホグワーツ城内に広まる。ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人は、ドラコ・マルフォイが「スリザリンの継承者」ではないかと考え、ポリジュース薬を使ってマルフォイから話を聞きだそうと計画する。

「秘密の部屋」の話題でもちきりになっていたある日、ロックハートの提案で「決闘クラブ」が開催される。このクラブにて、ハリーが蛇語を話せることが明らかになる。これを契機に、城内ではハリーが「継承者」ではないかという噂が広まる（サラザール・スリザリンは蛇語に長けていたことで有名だった）。ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人はクリスマス休暇を利用してマルフォイに探りを入れたが、マルフォイが「継承者」ではないことが判明する。

クリスマス休暇が明けたある日、ハリーは3階の女子トイレで黒く古い日記帳を見つける。その日記帳にはT・M・リドルの記憶が残されていて、その記憶を見たハリーは前回（50年前）の「秘密の部屋」事件の概要を知る。しかし後日、グリフィンドールの談話室が荒らされ、何者かに日記を盗まれてしまい、さらに出場予定だった対ハッフルパフ戦のクィディッチの試合が中止となり、ハーマイオニーと別の女子生徒が襲われる事件が発生した。前回の事件の容疑者だと言われているハグリッドは、魔法大臣とアルバス・ダンブルドアからアズカバンへ送ることを告げられる。さらにはダンブルドアが校長職を停職させられる事態になり、城内は更なる不安に駆られる。ハグリッドから話を聞こうとその場に居合わせたハリーとロンは、透明マントで隠れながらハグリッドが去り際に残した言葉を基に「禁じられた森」に向かい、ハグリッドに育てられた大蜘蛛・アラゴグから話を聞く。その話から、2人は知り合いである嘆きのマートルが前回の事件の犠牲者だったのではないかと推測、彼女から話を聞こうとする。

期末試験の3日前、2人は機会を得てマートルを訪ねようとしたがマクゴナガルに見つかってしまう。しかしハリーが「ハーマイオニーを見舞おうとした」と機転を効かせたおかげで処罰を免れ、2人はハーマイオニーを見舞う。見ると、石になっている彼女が小さな紙切れを握っている事に気付いた。2人が取り出したくしゃくしゃになった紙切れを見てみると、そこには「スリザリンの怪物」の正体が記されていた。これを見た2人は、今までの事実が全て整合性を持つことに気づき、寮監であるマクゴナガルに話そうと職員室へ向かう。その時、城内にミネルバ・マクゴナガルの声で「生徒は全員寮に待機、教授は2階廊下へ集合」するよう放送が流れる。教授一同は遅れてやってきたロックハートに「スリザリンの怪物」の対応を一任したが、盗み聞きしていたハリーとロンは、連れ去られた女子生徒の名を聞いて愕然とする。その女子生徒は、ロンの妹であるジニー・ウィーズリーだったのである。

ハリーとロンは、ロックハートが教授達から「スリザリンの怪物」退治を任されていたことを思い出し、彼を訪ねて一緒に「秘密の部屋」へ連れて行くことにする。マートルを訪ねた一行は彼女から死んだ時の話を聞き、「秘密の部屋」へ続くトンネルの入り口がマートルの棲む3階の女子トイレにあることを知り、「秘密の部屋」に乗り込んだ。途中、トンネル内部で戻りたいロックハートとの間で小競り合いになり、ロックハートが自身の記憶を無くす事態になる。その際トンネルが崩れた為に、ハリーはロンとロックハートを残して1人で「秘密の部屋」へ向かった。

「秘密の部屋」で横たわっているジニーを見つけたハリーは、そこに16歳のT・M・リドルがいるのを見て驚く。「リドルは50年前の生徒だったはずだ」と驚くハリーに、リドルは「これは50年前の記憶だよ。一連の事件は全て自分がジニーにやらせ、自分はジニーの魂で復活するのだ」と明かす。更にリドルは自らの正体が学生時代のヴォルデモート卿だと明かす。自分の目の前にいるこの青年が将来大人になり、ハリーの両親や他の魔法使いを殺したのかと思い悩むハリーにリドルが容赦なく襲い掛かり、スリザリンの怪物にハリーを始末させようとする。窮地に陥ったハリーのところへダンブルドアのペットである不死鳥のフォークスが飛んできてハリーに「組分け帽子」を渡し、ハリーを手助けする。ハリーは帽子から剣を取り出して怪物を倒し、その牙を使ってリドルを消滅させた。

その後、今回の「秘密の部屋」事件は全てルシウス・マルフォイの陰謀であったことがハリーに暴かれ、ルシウスは学校の理事をクビになる。ドビーはハリーの手によってマルフォイ家から「解放」され、自由な屋敷しもべ妖精となる。ロックハートはホグワーツ城を去らねばならなくなったが、ジャスティンやハーマイオニーをはじめ石にされた生徒達もみな元に戻り、ホグワーツに再び平和が戻った。

ハリーポッターと秘密の部屋 - wikipedia