セブルス・スネイプが放った死の呪文によってホグワーツ校長・アルバス・ダンブルドアは死亡し、死喰い人として帰還したスネイプは、ドラコ・マルフォイ達を連れて姿を消した。

スネイプに敗れたハリー・ポッターは、7年生に進級するはずだったが、前年にダンブルドアがハリーに遺した仕事「ヴォルデモートを滅ぼす唯一の手段である、分霊箱の破壊」を遂行するため、学校には戻らず、親友のロン、ハーマイオニーと共に旅に出た。しかし、困難な旅の中で仲間割れが起きてしまう。苛立ったハリーは謎の遺言や、中途半端なヒントしか残してくれなかったダンブルドアに対して疑念と不信感を強めていった。

ハリー達が旅をしている間にも、ヴォルデモートと彼の率いる死喰い人の一大集団は着々と手を伸ばしていた。ヴォルデモート達によって魔法省は乗っ取られ、魔法大臣のルーファス・スクリムジョールが殺害される。それによって、ホグワーツもまたスネイプが校長になるなどの数々の異変が起きていた。

ダンブルドアの驚くべき真実や、母・リリーとスネイプの間にあった知られざる哀しき過去、それによるスネイプの悲壮な覚悟と決意、そして分霊箱のありかなど、今までの6年間で明かされなかった全ての真実を解き明かしながら、避けることのできないヴォルデモートとの最終決戦に備え、準備を進めていく。

また、死喰い人はヴォルデモートの命令で、ハリーを探していた。ハリー達は分霊箱の手がかりを探す途中で「死の秘宝」という伝説を知る。ほとんど知られていない古い物語に記された伝説が本当であるならば、ヴォルデモート卿は分霊箱以上の力を手に入れることになる。ダンブルドア校長の遺言「吟遊詩人ビードルの物語」に、ホグワーツのレイブンクロー寮に所属するハリー達の親友の女子生徒・ルーナ・ラブグッドの父が首から提げた印と同じものが書き込んであったことを思い出したハリー達は、ルーナの父に会いに行った。その印は「吟遊詩人ビードルの物語」の中の「3人兄弟の物語」に出てくるニワトコの杖、蘇りの石、透明マントという、3つの死の秘宝のことを示していた。

この3つの品物こそが死の秘宝であり、ハリー達が着いた時にはルーナは連れ去られており、死喰い人がルーナの父の家を攻撃してきた。ハリー達は一旦は脱出するもののすぐに捕まり、マルフォイの家に連れて行かれる。ハリーとロンはルーナと同じ地下牢に監禁される。屋敷しもべ妖精・ドビーの手を借りて脱出に成功するが、ドビーは亡くなり、ハリーはドビーを埋葬する。しかし、そのころヴォルデモートは、ダンブルドア校長の墓から死の秘宝の1つ・ニワトコの杖を手に入れていた。

ヴォルデモートはニワトコの杖を手にいれ、以前にも増して力を増し、世界を恐怖に陥れていた。宿敵のハリーを殺すために、ヴォルデモートは死喰人を総動員してホグワーツ魔法学校を包囲する。 その間、ハリーは分霊箱を探しており、見つかった箱はことごとく破壊した。ダンブルドアのいなくなった学校は今や風前の灯火となり、ほかの教師たちがなんとか攻撃を防ぎ、持ちこたえている。多くの学生たち、先生は闇の力に圧倒される。

ヴォルデモートはニワトコの杖の威力を試そうとするが、うまく作動しない。その原因がスネイプであると感じるヴォルデモートは、彼を殺し、持ち主の交代を図る。そのとき、スネイプはハリーに自らの記憶を託す。スネイプはハリーの母に恋をしており、二人は違う寮にいることで次第に疎遠となっていき、それでも彼はずっとハリーの母のことを見守っていた。スネイプはホグワーツ卒業後に死喰い人となり、ヴォルデモートの傘下に下る。予言により7月の暮れにハリーが生まれるポッター家がヴォルデモートに狙われるようになり、ダンブルドアにリリーを守るよう嘆願し、その代わりにヴォルデモートとダンブルドア、二つの陣営の二重スパイとして暗躍することを約束する。 その後、リリーは失われたが、リリーの目を持ったハリーを見守り続けることを誓う。

最後の分霊箱を探していたハリーは、自分の中にヴォルデモートの一部があることを知る。最後の分霊箱とは、ハリー自身のことだったと知ったハリーは、ヴォルデモートを倒すために、ネビルに蛇（ナギニ）を殺すようお願いし、自らの命をかけて進んで行く。

ハリーはぼろぼろになりながらも杖を振ってヴォルデモートと対決する。ハリーはニワトコの杖で直前呪文を唱えて自分の所有としたことを知ると、ヴォルデモートは杖を使えず、ハリーの攻撃により破壊される。

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