ピート・ミッチェル（コールサイン：マーヴェリック）はアメリカ海軍の艦上戦闘機・F-14のパイロット。秘匿事項とされた父親の謎の死の影を引きずり、野生の勘を頼りにした無鉄砲で型破りな操縦を行う一匹狼のパイロットである。

天才的な直観力と技量を持つ彼は自らとは全く対照的な、どこにでもいるような心優しく、陽気なレーダー要員グースを相棒として僚機のクーガー/マーリンと共に、インド洋上での国籍不明のMiG-28との実弾を交わさない空中戦を行なっていた。

クーガー機に執拗に張り付いたMIG-28の頭上でマーヴェリックが側宙背面降下によるバックトゥバックでの、キャノピーを擦れ合わせるほどの接近を行ない、敵パイロットに向かってファックサインを見せつけた。更に後席のグースがポラロイドで記念撮影を行なって、やり過ぎなほどの挑発行為にでたが、MiGの乗員は呆れて、同じように側宙背面降下で離脱していった。

母艦への帰路についたマーヴェリックであったが、実際の空戦で後方に貼り付かれてロックオンされた恐怖により金縛り状態となったクーガーを気遣い、彼に付添い無事帰投させることができた。しかし限界を感じたクーガーが職務に見切りをつけたことにより、マーヴェリックとグースは思いがけなくもミラマー基地のエリート航空戦訓練学校（通称：トップガン）に送られて、航空戦技の神髄であるACM（空中戦闘機動）すなわちドッグファイトの戦技を磨くために教育を受けることとなる。

訓練開始前に催された非公式な歓迎パーティでは、幾人かの戦闘機パイロットやレーダー要員の他に民間人専門技術（宇宙航空物理学）教官とは知らずに近づいたシャーロット（チャーリー）に一目惚れし、彼女にとっても自分の専門領域であるMiG-28の性能情報を目の前で見ているマーヴェリックとは、いつの日か立場を超えて恋愛関係を持つようになる。

初日の飛行実技訓練終了後には、飛行教官のヴァイパーやジェスターから規則や協調性の重要性について叱責を受けつつも、日を追う毎に厳しさを増す飛行実技訓練や座学による様々な戦技理論講義・飛行実技後の検討講義・筆記試験を重ねて、ライバルのアイスマン達と訓練成績を競い合っていった。ある日の編隊飛行での攻撃訓練中に、マーヴェリック機はエンジンのコンプレッサー・ストールにより、操縦不能のきりもみ状態に陥ってしまい、脱出の際の不慮の事故でグースを失い、マーヴェリックは激しい自責の念にさいなまれる。

事故調査委員会による査問、でパイロットとしての責任は問われなかったが、「彼を飛ばし続けろ」と言うヴァイパーの願いも空しく、マーヴェリックは自信を喪失し、かつてのような攻撃性を失った弱気な戦闘機パイロットに変貌する。ワシントンD.C.での就職を決めたチャーリーからは、失望の意を告げられて去られてしまう。

野獣のような激しさは影を潜め、このまま流されてトップガンはおろか、アメリカ海軍を辞めるか、在学中に貯め込んだ好成績点と事故後の成績不振とを相殺して、生前グースが望んでいたように平凡な成績でもいいからトップガンを卒業して、その後には普通退役するか迷うマーヴェリックに対し、かつて彼の父親の戦友でもあったヴァイパーは、父の死は軍事境界線を越えた上空での交戦によるために国家機密扱いとされたものの、実は友軍機を救うために多数の敵機の攻撃に晒されて、その犠牲となった英雄的行為であったという真相を知らせて励まし、復活を促す。

周囲の励ましもあってマーヴェリックはトップガンの卒業式に出るが、その謝恩会中にインド洋上での情報収集活動中の巡洋艦援護の緊急出撃命令が彼を含む幾人かに届く。レーダー要員の決まっていないマーヴェリックに、ヴァイパーは自分が一緒に飛んでもいいとまで言って彼を励ました。ヴァイパー自身についても、実技飛行初日の午後にジェスターと話し合ったように、デューク・ミッチェルを失ったときに何もできなかったことを悔やんでいたことへの決着をつけるつもりであった。

トップガンでのマーヴェリックの弱気ぶりが聞こえていた空母飛行隊長は、作戦ブリーフィングで彼をバックアップにまわし、先鋒に発つアイスマンの不信感を無理に押さえつける。2機対2機の互角と見積もっていたが実際は6機であり、数で圧倒的に勝る敵機によってアイスマンらは苦戦を強いられ、とうとうハリウッド/ウルフマン機が撃墜されるに及んで、マーベリックは自らに自信が持てないままで出撃を余儀なくされる。

超音速飛行でやってきた戦闘域で、アイスマン/スライダー機1機に対する敵機5機のローリング・シザー機動による猛烈な攻撃を目の当たりにしてマーヴェリックは愕然としていたが、後方からの1機に気を取られて、知らない間に自分らの前方から向かってきた1機がすれ違いざまに起こした乱気流によって一時的な機の制御不能状態に陥る。マーヴェリックはからくも制御不能状態から回復はしたもののグースを失った恐怖の記憶が甦り、怖気付いてしまって戦闘域から逃げ出した。

空母戦闘指揮所内で、無線会話をモニタリング中だった飛行隊長の罵怒声は届かないまでも、レーダー要員であるマーリンの叱咤やグースのドッグタグを握りしめ、まるで後部席に彼がいるかのようにいつもの台詞の「教えてくれ。教えてくれ、グース…」と、祈るかのように呟きながらマーヴェリックは戦闘復帰を果たし、苦戦するアイスマン/スライダー機と協調して敵機を4機撃墜、2機を撤退させることに成功。撃墜されたハリウッドらも無事に生還して、アイスマンらとフライトデッキ上でわだかまりを解消させた。

この一戦によって、マーヴェリックは一匹狼からチームワークを知る優秀なパイロットへ成長したばかりでなく、グースを失った自責の念は克服され、僚友の死の悲しみを振り払うかのようにドッグタグを大海原に放り投げ、彼なりの弔いを行なった。世界中に報道された戦果でもあったことにより、これに気を良くした軍上層部の計らいによって、マーヴェリックは教官としてトップガンへ戻り、さらにその知らせを聞いて、ワシントンD.C.から戻っていたチャーリーと、2人の出会いのきっかけとなった思い出の曲に包まれながら劇的な再会を果たす。

トップガン - wikipedia